海南医科大学校徽由毛体中文校名和英文校名、蛇杖、书本状的海浪、椰树、地球经纬图以及建校年份等元素组合而成，采用圆形设计，简洁大气、饱满自然，将学校所处地域特征、行业特征和国际化特征融为一体，易于传播。
海浪、椰树以及地球经纬图，体现了学校地处南海明珠海南岛的地域优势，彰显了学校“南海、海南、热带、国际化”的办学特色；代表医学的蛇杖、形似书本翻开的海浪彰显了学校“自强不息、团结向上、奋发有为、追求卓越”的海医精神，体现了学校全面深化改革高质量发展披荆斩棘乘风破浪的精神和气概，也体现了全校师生和医护员工誓将学校全面建成热带特色鲜明的国际化高水平医科大学的信心和决心。
校徽主色调为“海医红”，代表积极向上的发展活力与悠久深厚的历史底蕴。
六合神算子传奇三肖院徽沿用原校徽中文字体和英文院名，由刻有海南医科大学英文缩写“HNMU”的书本、蛇杖、椰树、地球经纬图以及建院年份等元素组合而成，整体采用圆形设计。
整个设计将传统与现代相结合，与海南医科大学校徽交相辉映，将医学科学院与海医大的渊源、地域特征、行业特征和国际化视野融为一体，易于传播。
院徽中，由蛇杖与椰树叶组合而成的椰树，体现了医科院地处海南岛热带地区的地域特征和医学研究的行业特征；刻有HNMU的突破徽章圆形边界的书本，与作为基底的地球经纬轴，彰显了医学研究守正创新、突破藩篱的教育科技人才一体化融合发展的进取精神，体现了医学科学院“立足海医，面向世界”的胸怀与视野。
院徽主色调为“医学蓝”，代表医学专业特征。
